然而外国学者也认为，尽管短期内情势可能备受看好，但两岸关系长期依然存在显著的挑战，尤其是马英九可能不如北京想象的亲大陆，而它如今更必须认真提出更灵活的论述。

　　美国加州大学洛杉矶分校政治学系教授包瑞嘉（Richard Baum）指出，美台关系初期将获得很大的改善，而两岸到年底预料将经历一段蜜月期，至少直到美国总统大选之后。

　　包瑞嘉形容，陈水扁对北京来说是“天上掉下来的礼物”，现在“礼物消失了”，它就必须开始“为自己的许下的愿望（马英九当选总统）感到忧虑”。他说：“北京最大的问题在于，它从此不能再拿陈水扁来消费。从2004年开始说，它一直把制约台湾的工作转让给美国，无须负担任何责任，如今我想主导权回到它手中。”

　　长远来看，包瑞嘉认为昨天的选举结果，多少证明北京温和派在台湾问题上务实、放手的判断，现在的环境诱因意味北京可以在“一个中国”的原则上，拿出“更具灵活性并且真正务实”的论述突破。

　　然而，他也同时提醒近期在西藏发生的事件，导致大陆不太可能在“一个中国”的原则上有所软化。“我认为在针对所有形式的分裂主义维持强硬的姿态方面，它（大陆）正承受非常沉重的民族主义压力。在可预见的未来，这将是一个局限。”

　　包瑞嘉说，一旦无需强力约束作风挑衅的陈水扁，美国就可以有更大的空间扮演更务实灵活的角色，平衡中美台之间的三角关系。

　　卡内基国际和平基金会资深研究员史文（Michael Swaine）p强调，马英九上任后必须同时争取大陆和美国的信心，一方面通过对持续建设防卫实力，另一方面则坚持对话。

　　他说：“台湾在马英九胜选后，有股很强烈的观念，就是无须在防卫方面大步向前。这里有个独特的机会，与大陆建立全新的关系，台湾必须让大陆感到放心。不过，我认为这样的态度必须非常谨慎，因为背后必须有更大的战略，即只要在政治上得到鼓励，就可在军事上克制，否则在军事能力上原地踏步是不明智的。”